O Programa possui professores na condição de líderes e/ou pesquisadores nos seguintes Grupos de Pesquisa cadastrados no DGP do CNPq:
*Ordem alfabética
Animalia: Grupo de Estudos sobre as Relações entre Humanos e Animais na Antiguidade (UnB), criado em 2019
Coordenadores: Camila Condilo, Pedro Ribeiro Martins e Henrique Modanez de Sant'Anna (PPGHIS)
Archai: As Origens do Pensamento Ocidental (UnB), criado em 2002
Coordenadores: Gabriele Cornelli e Rodolfo Pais Nunes Lopes (Participação, como pesquisador, de Henrique Modanez de Sant'Anna)
Arte, Cultura e Sociedade no Mundo Ibérico (Séculos XVI a XIX) (UFPB), criado em 2012
Coordenadores: Carla Mary da Silva Oliveira e Maria Claudia Almeida Orlando Magnani (Participação, como pesquisador, de André Cabral Honor)
Corrupção e Poder no Mundo Ibérico (Séculos XVI a XVIII) (UFMG), criado em 2019
Coordenadores: Adriana Romeiro (UFMG) e Marcos Aurelio de Paula Pereira (PPGHIS)
GEPPHERG: Grupo de Estudo e Pesquisa em Políticas Públicas, História, Educação das Relações Raciais e de Gênero (UnB), criado em 2010
Coordenadores: Renisia Cristina Garcia Filice e Leandro Santos Bulhões de Jesus (Participação, como pesquisador, de Anderson Ribeiro Oliva)
Grupo de Pesquisa em História das Práticas Letradas (UFRJ), criado em 2014
Coordenadores: Andrea Daher (UFRJ) e Luiz César de Sá (PPGHIS)
História da Conservação da Natureza: Ativismo e Ciência (UnB), criado em 2016
Coordenador: José Luiz de Andrade Franco (PPGHIS)
História da Onça-Pintada (Panthera Onca) no Brasil (UnB), criado em 2016
Coordenador: José Luiz de Andrade Franco (PPGHIS)
Laboratório de Pesquisa em História e Historiografia do Brasil (UnB), criado em 2016
Coordenadoras: Eloísa Pereira Barroso (PPGHIS) e Lea Maria Carrer Iamashita
Metamorphose: Materialidade e interpretação de manuscritos e impressos da Época Moderna (UnB), criado em 2018
Coordenadores: André Gustavo de Melo Araújo (PPGHIS) e Rodrigo Nunes Bentes Monteiro
Núcleo História e Linguagens Políticas: Razão, Sentimentos e Sensibilidades (Unicamp), criado em 1991
Coordenadores: Maria Stella Martins Bresciani e Izabel Andrade Marson (Participação, como pesquisador, de Daniel Barbosa Andrade de Faria)
Programa de Conservação dos Mamíferos da Chapada dos Veadeiros (UnB), criado em 2018
Coordenadores: André de Almeida Cunha e José Luiz de Andrade Franco (PPGHIS)
Programa de Estudos Medievais (UnB), criado em 1992
Coordenadoras: Maria Eurydice de Barros Ribeiro e Maria Filomena Pinto da Costa Coelho (PPGHIS)
Teoria, História e Historiografia (UnB), criado em 1997
Coordenadores: Estevao Chaves de Rezende Martins (PPGHIS) e Luiz Sérgio Duarte da Silva